Otro problema del hidrógeno es la forma de producirlo. Es un elemento abundante pero no en estado puro, sino combinado en distintas sustancias: gas natural, gasolina, alcoholes de diversa procedencia (hidrocarburos todos ellos) y el agua. Según la forma de obtener hidrógeno, se producirá más o menos cantidad de CO2. Estimada en gramos por kilómetro recorrido del coche, la emisión de CO2 puede variar entre 10 g/km si la electricidad procede de centrales que no queman combustible, hasta 305 g/km si procede de centrales térmicas.

El bioetanol es líquido a temperatura ambiente, tiene una densidad conveniente para su utilización en automoción y proviene de plantas vivas; el CO2 que emite es el que previamente han obtenido de realizar la fotosíntesis, por lo que no aumentamos el nivel global de emisiones.

Con derivados del petróleo se podria decir que estamos haciendo lo mismo, pero devolviendo a la atmósfera, el CO2 absorbido por plantas y animales durante miles de años, y debido al ritmo de consumo de energía, en mucha mayor medida de lo que las plantas pueden absorber, de ahí el problema del incremento del CO2 en la atmósfera.

Las franjas verdes del gráfico indican la emisión de CO2 en el caso de que los vehículos utilizasen un combustible diferente al hidrógeno (gas natural, etanol o gasolina), y por tanto utilizasen un reformador para alimentar exclusivamente con hidrógeno a la pila. En todo caso se ofrecen valores entre 90 y 120 g/km, cuando un turismo actual medio anda entre 150 y 200 g/km.