Las plazas delanteras del GLK son amplias por altura y espacio para las piernas. Un conductor de estatura elevada, que irá con el asiento muy retrasado, puede encontrar algún problema para acomodarse dado que su hombro izquierdo podría rozar contra el montante central (el que hay entre las dos puertas).
Los asientos de serie tienen mandos eléctricos para la inclinación del respaldo y la altura de la banqueta. La inclinación de ésta y el ajuste longitudinal se hacen de forma manual. Todos los mandos están en el asiento (imagen). Opcionalmente, hay asientos con mandos eléctricos para todos los ajustes. En este caso, los mandos están en la puerta (imagen).
El anclaje superior de los cinturones se regula en altura y el volante, ampliamente, tanto en altura como en profundidad. Con todos estos ajustes, se puede conseguir una postura de conducción cómoda.
La posición de la palanca de cambios queda retrasada si se va a utilizar en modo manual, que no suele hacer falta (hacia la derecha se suben marchas y hacia la izquierda se reducen; imagen). La posibilidad de cambiar de marchas con las levas del volante (imagen) y el buen funcionamiento del cambio automático mitigan este inconveniente.
Como es habitual en Mercedes-Benz, en la columna de la dirección hay dos palancas, ambas en el lado izquierdo. La que está más arriba es la del programador de velocidad; la de abajo, sirve para manejar los intermitentes, el cambio de luces cortas a largas y los limpiaparabrisas (imagen). Para accionar esta última, que es la de mayor utilización, hay que mover la mano izquierda de su posición ideal y desplazarla hacia abajo, algo que no sería necesario si estuviese más arriba
En las plazas traseras (imagen) hay menos espacio que en otros todoterrenos, principalmente en sentido longitudinal. Por anchura, el GLK es difícilmente aprovechable para llevar tres adultos en estas plazas durante un recorrido largo, que son más estrechas que las de un Audi Q5 (2 cm) y más anchas que las de un BMW X3 (4 cm) y que un Volkswagen Tiguan (6 cm). Además, el respaldo está formado por la tapa del reposabrazos central, que es muy dura e incómoda para ir apoyado sobre ella. Dentro de este reposabrazos, hay dos posavasos extraibles y hueco para dejar objetos poco voluminosos (imagen).
En la parte final de la consola central hay dos salidas de ventilación para estas plazas y un pequeño receptáculo (imagen).
Los espacios para depositar objetos no son abundantes pero sí suficientes para dejar todo lo que normalmente se puede llevar en los bolsillos. Hay dos posavasos profundos entre los asientos delanteros y un cajetín bajo el reposabrazos. Bajo la tapa del cajetín hay un espacio estrecho y profundo (imagen): una cartera no cabe y, si se meten monedas, hay que extraer la funda que lo recubre para recuperarlas. Quizá un mando de garaje alargado (para que se pueda sacar) o un llavero de tipo cartera puedan aprovechar ese espacio. 
El respaldo posterior se abate por partes asimétricas y, una vez plegado, enrasa con la superficie del maletero.
Hay anclajes en el techo detrás de cada fila de asientos para colocar una red vertical (144 €) (imagen) que proteja, en caso de frenazo o accidente, a los pasajeros o al conductor y el copiloto del impacto de los bultos situados por detrás.
La altura de carga del maletero es de 71 cm, una medida normal para este tipo de coches. Su volumen es de 450 litros, 90 litros menos que un Audi Q5, 30 menos que un BMW X3 y 55 más que un Volkswagen Tiguan.
Bajo la tapa que cubre el fondo del maletero, hay doble fondo (imagen) con una caja plegable de plástico (imagen). Bajo él, está el espacio para llevar la rueda de emergencia (imagen). No hay un lugar específico para guardar la cortinilla que oculta el equipaje cuando se quita de su alojamiento para aprovechar la altura de carga.