Con el aumento de tamaño y peso, una de las diferencias más importante entre el nuevo Evo y los anteriores el sistema de transmisión.
Delante tiene un diferencial autoblocante helicoidal (esencialmente un Torsen). Detrás mantiene el diferencial de bloqueo variable que Mitsubishi llama «AYC» (Active Yaw Control o control activo de guiñada). En el centro ha sustituido el diferencial mecánico con acoplamiento viscoso por un diferencial semejante al trasero, que tiene un embrague multidisco para variar el efecto de bloqueo.
Tanto el embrague del diferencial trasero como el central se mueven mediante un sistema hidráulico controlado electrónicamente.
Mitsubishi ya usó este tipo de diferencial central en el Galant VR-4 de 1992 y lo abandonó por un sistema mecánico y viscoso en las sucesivas generaciones del Evo. Parece ser que estos diferenciales —por fallos o problemas de puesta a punto— es lo que ha hecho que el Lancer de Makinen fuera en 2000 mucho menos competitivo que en temporadas anteriores. Se ve que ya lo han arreglado.
Lo que realmente hace el control electrónico es variar el efecto diferencial en el central y el trasero: alto cuando es posible y bajo cuando es necesario. Es decir, alto cuando es precisa una gran motricidad, bajo cuando un una relación de bloqueo alta perjudicaría la estabilidad. En retención, el diferencial central queda sin bloqueo ninguno (diferencial libre). A la entrada de la curva adecua el efecto de bloqueo del diferencial central al giro del coche (más bloqueo central, más subviraje). Cuando el conductor deshace el giro y acelera, el bloqueo de los dos diferenciales aumenta para que la motricidad sea mayor.
Para determinar el grado de bloqueo la centralita recibe la misma información que el ABS (aceleración longitudinal y transversal, giro de las ruedas y ángulo de volante), más la posición del acelerador. El control electrónico de este sistema permite que haya distintos programas (en realidad son diferentes grados de bloqueo para unas mismas señales). El diferencial tiene una función curiosa: al tirar del freno de mano, anula el bloqueo. De esta manera, tirar del freno de mano produce el sobreviraje que hace falta en las curvas lentas de un rally. La caja de cambios sigue con cinco marchas.