Por ahora no hay datos sobre las prestaciones que logra. El motor, fabricado por AMG, es un doce cilindros en V, 5.980 cm³, sobrealimentado mediante un par de turbocompresores. Es el que tienen el S, SL y CL 65 AMG (fichas técnicas) pero con mayor potencia. El par máximo no cambia: 1.000 Nm.
El motor va acoplado a una caja de cambios manual de siete relaciones con automatismos para el embrague y la selección de marchas. Es decir, no tiene pedal de embrague ni una palanca con la que ir engranando cada una de las marchas; sí hay unas levas en el volante. El embrague es de disco doble. Pesa 96 kg; según Pagani, una caja automática de doble embrague hubiese supuesto 70 kilogramos adicionales por lo que no compensaría su mayor rapidez.
El Huayra pesa 1.350 kg (no sabemos si es peso en vacio o en condiciones de homologación), mucho menos que otros deportivos de potencia próxima y menos que lo que pesa un Porsche 911 GT2 RS, una versión aligerada del 911 GT2 (ficha comparativa). El chasis está hecho con titanio y carbono, los subchasis de la suspensión de acero (cromo y molibdeno). El escape es de «MHG-Fahrzeugtechnik» y pesa 10 kilogramos.
Es un coche de aerodinámica activa. Mediante la suspensión — que puede variar la altura de la carrocería— y unos deflectores colocados en las cuatro esquinas de la carrocería —cuya posición se puede modificar— se altera la resistencia al flujo de aire. Por ejemplo, en una frenada a velocidad alta, los deflectores traseros se elevan para ofrecer mayor oposición al aire y la suspensión delantera se eleva para compensar la transferencia de masas. La suspensión es de doble triángulo en las cuatro ruedas con amortiguadores «Öhlins». Estos deflectores permiten prescindir del típico alerón trasero presente en otros deportivos.
Hay canalizaciones para la ventilación del motor y de la caja de cambios en la propia estructura del chasis. La puertas se abren hacia arriba (tipo alas de gaviota).