El motor más innovador es el 1.3 Multijet 16V. Con este motor, el Ypsilon cumple las normas anticontaminantes Euro 4, que entran en vigor en 2005. Para cumplir esta norma de emisiones no necesita el filtro de partículas como sistema de descontaminación.

Pese a contaminar menos que sus rivales, (no hay ningún motor Diesel más limpio entre 60 y 80 CV de potencia) su consumo no es tan bajo como muchos de ellos, pero las diferencias son pequeñas. Está mejor situado en prestaciones (tabla comparativa de prestaciones y consumo del motor 1.3 litros Multijet).

Está hecho con una tecnología parecida al 1.9 Multijet 16 válvulas que ahora tiene el Alfa 147 y el 156. Da 69 CV de potencia máxima y 180 Nm de par máximo a partir de 1.750 rpm. Según Fiat, pesa poco (130 kg), y se ha puesto mucho empeño en que la distribución de los distintos componentes ocupe el mínimo espacio posible. Así podría ser factible montar este motor en otros coches más pequeños que el Lancia Ypsilon, como el pequeño monovolúmen Fiat Panda. Otro dato curioso que aporta Fiat es que este motor «ha sido desarrollado para una vida de 250.000 km en lugar de los habituales 150.000».

El cambio de aceite de este motor es cada 30.000 km y durante toda la vida útil estipulada no es necesario cambiar la correa de la distribución. Más información sobre el motor 1.3 Multijet 16V y artículo de técnica sobre la inyección Multijet. El motor 1.3 Multijet es capaz de hacer desde cinco hasta una sola inyección dependiendo de las condiciones de carga y temperatura del líquido refrigerante (más información).

En gasolina, hay un nuevo 1.4 16 válvulas de 95 CV de potencia. Tiene la culata de aluminio y elbloque de hierro. Su relación de compresión es más bien alta (11 a 1). El Ypsilon tiene peores prestaciones y consumo que el Punto con este motor; el Lancia pesa más y posiblemente tiene más resistencia aerodinámica que el Fiat (tabla comparativa).

Con el cambio automático D.FN System, sólo disponible para el Diesel, el Ypsilon tiene mejores prestaciones y consumo que con el cambio manual. La diferencia de consumo está en el ciclo urbano homologado, que baja de 5,7 l/100 km a 5,6 con el cambio automático (también baja una décima en consumo medio). La velocidad máxima es la misma (los desarrollos también lo son), pero la aceleración de 0 a 1.000 m del automático es 34,4 s, por 35,3 del manual.

Como otros coches con este tipo de cambio, tiene un selector de marchas de tipo secuencial y una posición donde los cambios se realizan de forma totalmente automática. Además tiene un pasillo con dos posiciones; «N»; neutro y «R» Retroceso.