El Civic Híbrido lleva un motor semejante al del Honda Jazz (más información sobre ese motor). En este caso tiene 1.339 cm³ de cilindrada y —por sí solo— 83 CV a 5.700 rpm y 119 Nm a 2.800 rpm. En combinación con el motor eléctrico, la potencia máxima del Civic IMA es 90 CV a 5.700 rpm y 159 Nm a 1.000 rpm.

Este motor puede funcionar con mezcla pobre, cosa que actualmente solo ocurre con algunos motores de inyección directa. Como el motor del Jazz, tiene doble encendido secuencial, con una bobina individual para cada una de las ocho bujías.

Tiene también distribución varibale, pero en este caso Honda no la usa para modificar el cruce de las válvulas, sino para mantener cerradas continuamente las de tres de los cilindros.

La idea es que el Civic pueda aprovechar el máximo posible de energía en retención. Como parte de esa energía se pierde en el bombeo de aire en el motor, Honda usa la distribución variable para desconectar la distribución de hasta tres de los cilindros. Sólo lo hace cuando el régimen del motor es bajo.

Cada leva mueve un balancín que está sobre ella. En condiciones nornales, ese primer balancín está unido a un segundo por un pasador; es este segundo balancín el que mueve las válvulas. Cuando hay que desconectar la distribución, el pasador libera al segundo balancín. De esa manera, aunque el árbol de levas sigue girando y mueve al primer balancín, ese movimiento no se transmite y las válvulas, que quedan cerradas continuamente.

Al eliminar la distribución se elimina también la pédida por bombeo en ese motor. Lo que no se impide es la pérdida que pueda haber por compresión; el cilindro cerrado actá como un muelle neumático y no devuelve toda la energía que absorbe.

Como puede usar mezcla pobre en ciertas condiciones, emite una cantidad de óxidos de nitrógeno superior a un motor que funcione siempre con mezcla estequiométrica. Honda lo soluciona con un nuevo catalizador que retiene parte de los óxidos de nitrógeno (NOx). Este catalizador, cubierto con una aleación de platino patentada por Honda, retiene los óxidos de nitrógeno hasta que la atmósfera es propicia para separar el nitrógeno del oxígeno. Esa atmósfera se consigue cuando el motor funciona con mezcla estequimétrica.

El motor eléctrico del Civic es de corriente continua, sin escobillas y con imanes permanentes. En este tipo de motores, el rotor tiene imanes permanentes (6 en este caso) y el estátor tiene electroimanes de «onda cuadrada», que reciben bien la tensión de 144 V o bien ninguna tensión. Genera un par máximo de 57 Nm a 1.000 rpm y una potencia máxima de 9 CV (6,5 kW) a 2.500 rpm.

Este motor tiene tres funciones en el Civic IMA: motor de impulsión para el coche (combinado con el motor térmico), motor de arranque para el motor térmico 7 generador eléctrico en retención. Este motor está a continuación del térmico, directamente conectado con el cigüeñal; mide 65 mm de ancho.

La batería es de níquel e hidruro metálico. Mide 495 x 372 x 174, ocupa 26,8 l y pesa 29 kg. Tiene 120 celdas de 1,2 V, lo que da 144 V; su capacidad es 6,0 Ah. Otros elementos del sistema eléctrico son el inversor de corriente continua y dos ventiladores de refrigeración.