En abril de 2016 Mercedes-Benz sustituirá el CLA Coupé 2013 por el CLA Coupé 2016 y el CLA Shooting Brake 2015 por el CLA Shooting Brake 2016. Cambiará levemente el aspecto exterior e interior y habrá nuevos elementos de equipamiento. Las dimensiones de la carrocería no varían (4,63 metros de longitud en ambos casos), tampoco las del habitáculo (mediciones interiores del CLA Coupé y mediciones del interior del CLA Shooting Brake), ni las del maletero (470 y 495 litros respectivamente).
No hay cambios en ninguno de los componentes que puedan afectar a la conducción, como la suspensión, la dirección, el chasis o los motores. Por tanto, las impresiones de conducción del CLA Coupé 2013 y del CLA Shooting Brake 2015 permanecen vigentes.
Hay dos versiones Diesel —CLA 200 d y CLA 220 d, con 136 y 177 CV respectivamente— y cuatro de gasolina —CLA 180, CLA 200, CLA 250 y AMG CLA 45 4MATIC, con 122, 156, 218 y 381 CV respectivamente—. Las posibles combinaciones de cambio (manual o automático) y tracción (delantera o a las cuatro ruedas) se pueden consultar aquí para el caso del CLA Coupé y aquí para el del CLA Shooting Brake.
En algunos países europeos, no en España, habrá dos versiones nuevas: CLA 180 d (con el mismo motor Diesel de cuatro cilindros, 1461 cm³ y 109 CV de potencia máxima del Clase A 180 d, de origen Renault) y CLA 220 4MATIC (con un motor de gasolina de 184 CV, tracción a las cuatro ruedas y cambio automático).
Los cambios en el diseño se ven principalmente en los parachoques de ambos extremos y en los pilotos. Además, los CLA Coupé 2016 y CLA Shooting Brake 2016 con los niveles de equipamiento más bajos tendrán la parrilla con el diseño que Mercedes-Benz llama «diamante negro» (es como la que llevan las versiones con el paquete AMG, imagen, pero con los puntos cromados en color negro).
En el interior hay más partes de color plateado. Por ejemplo, los botones que están en la parte inferior del sistema multimedia, el contorno de los mandos que hay en las puertas para el manejo de los asientos eléctricos y en el contorno de las tapas que cubren los huecos que hay en la parte baja de la consola. El diseño de las agujas de la instrumentación también es diferente y la pantalla opcional de 8,0 pulgadas tiene menos grosor.
Otra novedad es la posibilidad de pedir en opción unos faros de ledes llamados LED High Performance (de serie en el AMG 45 4MATIC). Constan de diodos luminosos para realizar todas las funciones de iluminación y su consumo de energía es, según Mercedes-Benz, alrededor de un 60% inferior al de unos equivalentes de xenón. La opción LED High Performance incluye también unos pilotos con luces de freno e intermitente de intensidad variable. Hay tres niveles de intensidad: diurno, nocturno y nocturno con el coche estacionado.
La tapa del maletero del CLA Coupé 2016 y del CLA Shooting Brake 2016 podrá tener en opción un sistema de apertura y cierre eléctrico que se active mediante un barrido del pie por la zona inferior del parachoques trasero.
El sistema multimedia recibe una actualización de su programación para permitir la compatibilidad con los sistemas de conexión Android Auto y Apple CarPlay. Por otra parte, hay un color nuevo para la carrocería llamado «canvasite blue metallic» y nuevos diseños de llantas, de entre 18 y 19 pulgadas.