Esta versión inauguró en 2006 una nueva línea de vehículos de Volkswagen, denominada BlueMotion, que se caracterizarán por ser los más eficientes de cada gama en el aprovechamiento de combustible. El primero en llegar fue este Polo. Tiene un motor de 80 CV, el TDi de 1.4 l y tres cilindros.

Cuesta 15.810 €, casi 3.000 más que la versión de la que deriva. También está disponible con carrocería de cinco puertas.

El Polo BlueMotion obtiene un consumo medio de 3,8 l/100 km, 0,7 litros menos que el Polo 1.4 TDi de 80 CV, un modelo que gasta muy poco. Actualmente, no hay ningún modelo que gaste menos (el SEAT Ibiza 1.4 TDI 80 CV DPF Ecomotive gasta lo mismo) entre los que miden de 3,7 a 4,1 m y tienen un motor entre 70 y 80 CV (tabla comparativa).

La versión Bluemotion tiene una velocidad punta mayor (176 km/h frente a 174 km/h) y empera las recuperaciones. Esto se debe a que, para mejorar el aprovechamiento del gasóleo, Volkswagen ha mejorado la aerodinámica (Cx 0,30 en vez de 0,32), ha alargado los desarrollos de transmisión (de la tercera, cuarta y quinta) y ha efectuado variaciones en la gestión del motor. Los neumáticos ofrecen menor resistencia a la rodadura de lo normal.

Por cada Polo Bluemotion vendido, Volkswagen planta 17 árboles; con el resto de las versiones Bluemotion (Golf, Golf Variant, Golf Plus, Jetta y Passat) planta uno. Estos árboles servirán para crear un bosque en la Sierra del Segura (Albacete).

Además, en todos los modelos de Volkswagen se puede pagar una cantidad de dinero que se destina a compensar las emisiones de C02 en función del kilometraje mediante la plantación de árboles. Volkswagen, a través de la Fundación +árboles, se compromete a plantar y conservar durante un periodo de 40 años dichos árboles.

Por ejemplo, en el caso de un Polo hay cuatro paquetes de compensación de C02 que van desde 110 € (5 árboles, compensan 20.000 km de emisiones de ese modelo) hasta 1.155 € (68 árboles, 150.000 km). Quienes adquieran uno de estos paquetes llevarán un emblema en el montante central del coche con la leyenda «C02 Neutral».