El Toyota MR2 cambia de aspecto, tiene más equipamiento de seguridad y modificaciones en la transmisión y en la suspensión.

Las entradas frontales de aire son distintas y lleva faros antiniebla —de forma redonda— que están integrados en la parte baja del paragolpes. Los faros delanteros tienen proyectores elipsoidales para las luces de cruce.

En la parte trasera cambia la forma de las rejillas del paragolpes y los pilotos, que ahora tienen una transparencia distinta y contornos redondeados para los indicadores de marcha atrás y los intermitentes. El tubo de escape tiene forma oval.

En el interior los cambios son menores; hay algún detalle cromado en las salidas de aire de la zona central del salpicadero, en el borde de los mandos de ventilación y en los altavoces de las puertas. Toda la instrumentación es ahora de color naranja y cambian los dibujos de los mandos de la temperatura y caudal de aire.

El MR2 del año modelo 2003 sigue estando disponible con caja de cambios manual o automática. Ambas tienen ahora de seis velocidades (en lugar de cinco) y Toyota las ha revisado para que tengan un accionamiento mejor.

La versión con cambio automático y mando secuencial, denominada «SMT», tiene de serie control de tracción, control de estabilidad, y sistema de frenado de emergencia. Estos elementos no están disponibles para la versión manual.

No hay cambios en el motor; sigue siendo un 1,8 litros de 140 CV de potencia máxima.