El Toyota MR2 tiene ahora una caja de cambios de seis velocidades, bien manual o bien automática con mandos secuenciales (en la palanca y en el volante). Esta sexta velocidad sirve para circular a un régimen relativamente bajo, para reducir el ruido procedente del motor o para bajar el consumo en determinadas ocasiones.

La sexta velocidad tiene un desarrollo de 38,4 km/h cada 1.000 rpm. Es un desarrollo de transmisión muy largo, a régimen de potencia máxima (6.400 rpm) teóricamente iría a 246 km/h. La quinta velocidad del nuevo modelo es más larga que la quinta del anterior: pasa de 30,3 km/h cada 1.000 rpm a 34,2 km/h en el modelo actual.

Las ruedas traseras tienen ahora más diámetro y unas llantas de 16 pulgadas de diámetro (las delanteras siguen siendo de 15").

Las traseras son 215/45 R16; frente a las 205/50 R15 V del modelo anterior, tiene un 2,3% más de desarrollo. Las delanteras siguen siendo 185/55 R15.

La suspensión trasera es distinta y el tarado de los amortiguadores ha sido revisado. Todos los MR2 tienen un autoblocante Torsen.

No varían la velocidad máxima (210 km/h) ni el consumo medio (10,1 litros cada 100 km). Ha perdido ligeramente en aceleración. La versión con cambio manual acelera de 0 a 100 km/h en 8,0 segundos, frente a los 7,9 del modelo anterior. La versión con cambio automático tarda 9,3 segundos en la misma medición y también es una décima más lenta que antes.