Las dos versiones se caracterizan porque tienen un motor de seis cilindros y disposición «boxer». El menos potente tiene 2,7 l de cilindrada y 239 CV de potencia; el Boxster S tiene un motor de 3,2 l y 280 CV de potencia.

Tienen cuatro válvulas por cilindro, lubricación mediante cárter seco (con tres bombas; dos que aspiran aceite de las culatas y lo envían al cárter, y una en el cárter que envía de nuevo el aceite) y una bobina para cada cilindro. Otra característica es que tiene un sistema de distribución variable contínua (VarioCam), que está formado por un variador de fase (capaz de cambiar el momento de apertura de las válvulas). Imagen del sistema de distribución variable. No es el VarioCam Plus que tiene el Porsche 911, que además del variador de fase tiene un sistema que cambia el alzado de válvulas (imagen).

Los nuevos Boxster tienen además un sistema de admisión variable. Del filtro de aire sale la toma de admisión y que se divide en dos en un cierto momento (un conducto va para cada fila de cilindros). En este punto Porsche ha puesto una mariposa (que la denomina de derivación) que, si está cerrada, las dos filas de cilindros admiten aire independientemente; si está abierta quedan intercomunicadas las dos filas de cilindros. Este sistema favorece la respuesta del motor a un régimen bajo, medio y alto.

Adicionalmente, el Boxster tiene un segundo conducto que intercomunica los dos colectores de admisión, pero no toma aire del exterior. Este conducto también está controlado por una mariposa (de resonancia). Esta mariposa también queda abierta a un régimen alto, lo que favorece el flujo de aire (imagen).

En las nuevas versiones hay cambios en el sistema de admisión y de escape. Hay un filtro de aire más grande que da mayor superficie filtrante y un escape rediseñado para reducir el peso (tiene chapas más finas) y para reducir la contrapresión.

Parece ser que Porsche ha buscado un sonido más ronco de admisión y de escape. El filtro de aire más grande y su menor resistencia de aire favorece un sonido de admisión más grave y tiene resonadores de Helmholtz para evitar que el sonido pase de una determinada frecuencia y se haga el ruido estridente. En el escape, el nuevo diseño favorece la sonoridad buscada y según Porsche un elemento importante en este sentido es la arquitectura de tubo que comunica los dos silenciosos entre sí.

El 1996 Porsche comenzó a vender el Boxster con un motor de 2,5 l y 204 CV de potencia. El bloque de 2,7 l de cilindrada comenzó a utilizarse en el Boxster de 2.000, con 220 CV; en el año 2003 la potencia pasó hasta 228 CV. El Boxster S se introdujo en el año 2.000, con 252 CV de potencia y 260 en la evolución de 2.003.

El Boxster tiene de serie una caja manual de cinco velocidades y opcionalmente puede tener una de seis. En el Boxster S la caja es manual de seis velocidades (que es de distinto proveedor que en la gama 2003).

La caja manual de seis velocidades montada en la versión de 239 CV tiene un desarrollo prácticamente igual en sexta que la de cinco en quinta (38,5 y 38,7 km/h cada 1.000 rpm respectivamente). Es decir, la sexta no proporciona un régimen más desahogado a igualdad de velocidad; las dos cajas tienen la misma apertura, pero la de seis tiene menos salto entre marchas.

Las dos cajas de cambio tienen un recorrido de la palanca más corto que antes. En las dos cajas manuales hay revestimientos con un material de carbono en los anillos sincronizadores de primera y segunda.

Las dos versiones tienen en opción una caja automática de cinco relaciones (Tiptronic S).