El cambio automático Steptronic es el único disponible para el motor V6, mientras que para el Td4 se puede pedir opcionalmente por 290.000 pesetas (1.743 Euros). Es un cambio automático con convertidor de par, con cinco relaciones, control electrónico y mando secuencial. Fabricado por el especialista japonés JACTO Transtechnology y que ya tiene como opción en el Rover 75, en este caso se ha adaptado específicamente para el Freelander.

En funcionamiento totalmente automático, aparte de las posiciones «P N R D» (Parking, Punto muerto, marcha atrás y modo automático de 5 relaciones) tiene una posición 4 donde impide que entre la 5ª (por ejemplo, para ciudad o para tirar de una caravana). Tiene otras dos más, pensadas para afrontar zonas agrestes a muy baja velocidad, que impide pasar de 1ª o 2ª velocidad.

La palanca se puede mover hacia el pasillo que permite el funcionamiento secuencial. Si no se actúa sobre la palanca en este modo, el control electrónico cabia de programa, para cambiar de marcha a un régimen más alto. En cualquier momento podemos mover la palanca hacia adelante para subir marchas o hacia atrás para bajarlas, igual que en otros cambios secuenciales, sin que el programa permita sobrerrégimen o funcionamiento por debajo del régimen de ralentí.

El control automático de descenso (HDC) no funciona en el modo secuencial, solo en automático. Este es un sistema que actúa sobre los frenos conjuntamente con el ABS y limita la velocidad a 9 km/h, y resulta muy útil cuando se baja por una fuerte pendiente. El HDC es equipo de serie tanto en la versión automática como en la manual. Opcionalmente, y sólo en las versiones equipadas con la caja automática, puede pedirse el programador de velocidad.

La caja manual del 1,8 de gasolina permanece invariada, incluidas las relaciones de cambio. La versión turbodiésel estrena una nueva caja de cambios con la marcha atrás sincronizada y un sincronizador mejorado para 1ª y 2ª. Tampoco hay grandes diferencias de desarrollos, aunque en el modelo son ligeramente más largos.