El CR-V tiene un sistema de tracción total conectable similar al utilizado también en el Honda HR-V: en condiciones normales sólo funciona como tracción delantera, pero un sistema multidisco (denominado DPS) reparte par motriz a las ruedas traseras de forma automática cuando las delanteras pierden motricidad. El DPS puede llegar a transmitir hasta un 70 por ciento del par a las ruedas traseras.

El diferencial trasero tiene dos bombas hidráulicas, una se acciona mediante las ruedas delanteras a través del eje propulsor y la otra mediante las ruedas traseras a través del diferencial trasero. En condiciones normales, las ruedas delanteras y traseras giran a la misma velocidad y el fluido hidráulico que circula entre las dos bombas no genera presión. Pero, si las ruedas delanteras comienzan a patinar, las dos bombas hidráulicas giran a diferente velocidad y se genera una presión sobre un embrague multidisco que engancha el árbol de transmisión delantero con el diferencial trasero y se transmite par de forma variable sobre las ruedas traseras.

Según Honda, el funcionamiento es casi instantáneo, pero en la realidad, este sistema mecánico es muy lento en el reparto de par motriz hacia las ruedas traseras y se llega a apreciar claramente cómo las ruedas delanteras pierden tracción. Un sistema similar, como el Haldex(diferenciado principalmente por su gestión electrónica), es más eficaz y no se aprecia en ningún momento pérdidas de tracción. El CR-V no lleva reductora, ni ningún bloqueo dediferencial, lo que limita mucho su eficacia en zonas trialeras.

Como anteriormente, el CR-V está disponible con cambio manual de cinco velocidades o automático de cuatro. En ambos casos se han acortado los desarrollos de la primera velocidad y la marcha atrás (un 12 y un 32 % respectivamente) con el fin de ganar en capacidad de aceleración y mejorar su respuesta en conducción todo terreno y al subir o bajar por una pendiente.

En el cambio manual se han realizado pequeñas modificaciones para mejorar la suavidad y rapidez de accionamiento. La carrera del cambio se ha reducido 13 mm y los movimientos entre marcha y marcha son muy cortos, de tacto prácticamente deportivo. El embrague tiene un nuevo disco de mayor diámetro (ha pasado de 220 a 230 mm).