El Honda Civic Hybrid lleva un motor de 1,3 l, cuatro cilindros en línea e inyección indirecta que da la potencia máxima (95 CV) a 6.000 rpm. El par máximo es 123 Nm a 4.600 rpm. Básicamente, es el mismo que llevaron otros modelos de Honda como el Jazz (más información) pero con distribución variable de tres fases: carga baja, carga alta o retención.

Para la carga baja hay unas levas que dan poca alzada a las válvulas, mientras que para la carga alta hay levas de mayor perfil, que dan más alzada. Cuando el conductor suelta el acelerador, las levas no pisan las válvulas, de manera que quedan cerradas permanentemente.

Al cerrar las válvulas se consigue que el motor no bombee aire, por lo que retiene menos. Según Honda, esto disminuye la retención del motor un 66%. En esas condiciones, el aire que queda en las cámaras se sigue comprimiendo y descomprimiendo, y, como en cualquier otro motor, se corta la inyección de combustible.

Como el motor ofrece menos retención, es posible utilizar más la inercia del coche para cargar la batería.

Es un motor con un árbol de levas y dos válvulas por cilindro, dispuestas en un ángulo estrecho (30º). El bloque del motor es de aluminio con paredes finas. Para disminuir las pérdidas por rozamiento, las camisas de los cilindros están pulidas a espejo y los pistones tienen segmentos de baja tensión. Éstos, además, tienen microdepresiones para retener más aceite.

El motor eléctrico es síncrono, sin escobillas e imanes permanentes. Tiene una potencia máxima de 20 CV a 2.000 rpm. El par máximo es 103 Nm a 1.160 rpm. Se alimenta a través de una batería que va ubicada detrás del respaldo de los asientos posteriores. Esta batería tiene un volumen de 59 l (9 l menos que la del Civic IMA de 2003) y da una tensión de 158 V. Tiene una capacidad de 5,5 Ah.

El motor eléctrico es solidario con el térmico y está en el lugar que ocuparía el volante motor. Puede impulsar el coche por sí solo, con el motor térmico apagado. Los modos posibles de funcionamiento se pueden ver en esta tabla.

El cambio es de variador continuo con una relación de 2,520 a 1 (más corta) y 0,421 a 1 (más larga). El grupo es muy corto (4,94 a 1), como suele ocurrir en los cambios de variador, para que la caja no tenga que hacer una reducción grande.

El Civic Hybrid lleva algunos dispositivos que contribuyen al ahorro de energía, como un compresor para el aire acondicionado que se puede mover mecánicamente (con una polea) o eléctricamente (con un motor eléctrico incorporado de 144 V). Normalmente sólo consume energía eléctrica pero, si la carga de la batería no es suficiente o si se requiere un enfriamiento muy rápido, lo mueve el motor térmico a través de la polea.