El S6 y el S6 Avant se podrá elegir hasta en ocho colores de carrocería diferentes, entre ellos los exclusivos «Azul Estoril efecto cristal» y «Plata Prisma efecto cristal». Llevan de serie llantas de fundición de aluminio de diseño exclusivo con cinco radios paralelos y de 19 pulgadas, montadas en neumáticos de medidas 255/40. Opcionalmente hay otras de 19 y 20 pulgadas.
El S6 lleva el sistema «Audi drive select», que modifica la respuesta del pedal del acelerador, la caja de cambios automática «S tronic», la asistencia de la dirección y la suspensión neumática. El diferencial trasero y la dirección de desmultiplicación variable en función de la velocidad opcionales también se pueden integrar en este dispositivo. El conductor puede elegir entre cinco programas diferentes.

Opcionalmente, algunos elementos decorativos en aluminio pueden ser reemplazados por otros de carbono, madera de fresno marrón natural o madera de roble multicapa «Beaufort». El guarnecido del techo, el cuadro de instrumentos, la moqueta y los asientos están disponibles en tres colores: negro, «Plata Luna» y «Beige Goa» —este último sólo para la tapicería de los asientos—.

Los asientos son de diseño deportivo (llevan el reposacabezas integrado) y el anagrama «S» grabado en el respaldo. Hay dos variantes opcionales: los asientos de confort y los asientos deportivos «S» con reposacabezas integrados. El tapizado de serie es una mezcla de cuero napa fina y Alcantara, aunque se puede optar por uno de cuero «Milano» o cuero «Valcona».El equipamiento de serie incluye elementos como los faros xenón plus, los pilotos de led, el freno de estacionamiento eléctrico, una pantalla multifunción a color en el centro del salpicadero, el mando «MMI» o un equipo de sonido con diez altavoces.

Opcionalmente se podrán elegir la mayoría de elementos que pueden llevar otras versiones de la gama A6, como los faros de led, el sistema de información proyectada en el parabrisas («head-up display»), el sistema de ayuda al aparcamiento «Audi parking system plus» con cámaras en todo el contorno del coche o los asientos con calefacción, ventilación y masaje, entre otros.

También se podrá optar por otros como el programador de velocidad activo con función de frenado, el sistema de detección de obstáculos en el ángulo muerto, el asistente de cambio de carril o el dispositivo de visión nocturna con detección de peatones.