La conexión entre las ruedas y el bastidor es de tipo paralelogramo deformable en los dos ejes, pero los elementos de unión son distintos en cada eje. El conjunto de elementos de unión tiene ciertas semejanzas con los del A8, pero no son iguales en ningún caso. Algunos de estos elementos de unión son de aluminio y todos están unidos a un subchasis.

El Phaeton es la primera berlina que tiene suspensión neumática de serie en toda la gama. Consiste en un sistema que varía el volumen de los muelles y, con ello, su flexibilidad. Consta de una bomba neumática, un acumulador de presión y sensores de altura. Un controlador electrónico determina la dureza del muelle y también la altura de la carrocería, pero no tienen ningún sistema antibalanceo. El conductor puede elegir entre dos alturas, una 25 mm superior a la normal y una 15 mm inferior (que se conecta automáticamente a partir de 160 km/h).

Los amortiguadores también tienen dureza variable. No es el sistema continuo de otros modelos recientes, sino que tiene cuatro grados de dureza. El conductor puede seleccionar cualquiera de ellas manualmente.

El Phaeton necesita discos muy grandes. La versión de seis cilindros lleva delante discos de 323 mm con pinzas flotantes de doble pistón; detrás lleva discos de 280 con pinzas flotantes de un pistón. La instalación del W12 es con discos delanteros de 365 mm (uno de los más grandes en coches de serie) con pinzas fijas de aluminio de ocho pistones; los discos traseros son de 335, con las mismas pinzas del V6.

La dirección tiene dureza variable en función de la velocidad. Según Volkswagen, está hecha para dar un buen tacto en línea recta, para que sea más fácil mantener la trayectoria en estas condiciones y, además, dé sensación de confianza.

Los controles electrónicos que lleva son: antibloqueo de frenos (ABS), control de tracción (TCS), bloqueo electrónico del diferencial (EBD, realmente no del diferencial en sí como mecanismo, sino del efecto diferencial; actúa sobre los frenos), control de estabilidad (ESP), servofreno de emergencia (HBA, acorta el tiempo de reacción si el conductor no pisa adecuadamente el freno), amplificador de fuerza de frenada (HPS, aumenta la presión cuando es preciso) y control de retención (EBC).